과민성 대장 증후군의 원인은 아직 정확히 알지 못합니다.
단지 여러가지 요소에 의한 것으로 생각되어지며(multifactorial), 기능적인 질환으로 보입니다.
생각되어지는 병인(병이 생기는 과정)으로는
내장이 과다하게 민감해져서 장이 팽창되었을 때 통증이 유발되지 않나 생각되어지고, 장의 운동성 조절 이상도 그 원인으로 생각됩니다. 이 외에 스트레스로 인해서 Hypothalamic-pituitary axis를 통한 호르몬의 분비(스트레스 호르몬)도 원인으로 생각되어집니다.